打磨拋光機在操作的過程中最關鍵的是要能夠得到最大的拋光速度，目的是能夠更加快速的去除在磨光時產生的損傷表層。
同時也要使拋光損傷的表層不會對最后觀察到組織產生影響，所以在品質好的拋光機的工作過程中要使用比較粗的磨料，這樣做可以保證比較大的拋光速度去除磨光的損傷表層，但是這么做也有一個缺點那就是拋光損傷曾比較深；而如果用比較細的材料雖然可以使拋光損傷表層比較淺，但是相對應的這一種拋光的速度就要慢得多。
解決這個矛盾點的方法就是把拋光的操作分成兩個部分組成，首先用粗的材料進行拋光，這么做就是首先去除磨光的損傷層，這一個的階段應該具有最大的拋光速度，雖然會產生比較深的拋光損傷，但是可以在第二個環節也就是精拋進行拋光，使得表面變得更加光滑。